Bun は base64 文字列のエンコード・デコードのための Web 標準 atob および btoa 関数を実装しています。

const data = "hello world";
const encoded = btoa(data); // => "aGVsbG8gd29ybGQ="
const decoded = atob(encoded); // => "hello world"

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Bun に実装されている Web API の完全な解説については、ドキュメント > Web API を参照してください。